Jeszcze w czasie trwania II wojny światowej do Olsztyna zawitali wraz z rodzinami: Jerzy Sacewicz, Mikołaj Korniluk oraz Bolesław Winnik – członkowie Zjednoczenia Kościołów Chrystusowych, by w mieście zniszczonym wojenną zawieruchą rozpocząć działalność duszpasterską, a także zabezpieczyć protestanckie obiekty sakralne znajdujące się na terenie Warmii i Mazur.

W czerwcu 1945 r. powstał Zbór Kościoła Chrystusowego w Olsztynie, a w lipcu 1946 r. na jego potrzeby została zajęta kaplica przy ul. Warmińskiej 23. Budynek ten należał do niemieckiej, wolnokościelnej Społeczności Ewangelickiej, w ramach której w czasie okupacji działała część Zborów Kościoła Chrystusowego, jak również chrześcijanie baptyści, którzy obiekt ten wybudowali. Po wyremontowaniu opustoszałej i zniszczonej kaplicy zaczęto organizować w niej regularne nabożeństwa, a opiekę duszpasterską nad Zborem objął pastor Jerzy Sacewicz.

Chcąc efektywniej służyć ludziom, którzy w skutek działań wojennych znaleźli się w trudnej sytuacji materialnej, w 1946r. stworzył on organizację charytatywną, działającą pod nazwą Komitetu Pomocy „Ewangeliczny Samarytanin”. Wsparcie niesiono potrzebującym, w zależności od sytuacji, w bardzo różnorodny sposób. Rozdawano żywność, odzież, lekarstwa, organizowano kolonie letnie, a także akcje dożywiania dzieci i młodzieży. Chcąc otoczyć troskliwą opieką sieroty, których w tym trudnym, powojennym okresie było wiele stworzono Dom Dziecka w Lidzbarku Warmińskim. Zamieszkało w nim 12 chłopców i 18 dziewcząt w wieku od 2 do 18 lat.

W Olsztynie zapadały także ważne dla życia całego Kościoła Chrystusowego decyzje ponieważ właśnie tutaj, przy ul. Mazurskiej 15 mieściła się siedziba naczelnych władz Kościoła, jak również odbywały się tu pierwsze powojenne Zjazdy jego przedstawicieli. Zbór olsztyński prowadził także działalność szkoleniową, organizując kursy biblijne, dyrygenckie, wokalne, jak również wydawniczą. Dzięki jego staraniom opublikowano „Śpiewnik Kościoła Chrystusowego”, „Kościół Chrystusowy w Polsce”, „Śpiewnik religijny” oraz przygotowywano materiały do wydawania książek, broszur i miesięcznika „Jedność”.

W 1948 r. siedziba władz Kościoła została przeniesiona do Warszawy, a pastorem Zboru w Olsztynie liczącego 122 członków, a wraz z rodzinami 285 osób, został Mikołaj Korniluk, który pełnił tą służbę aż do końca swego życia – odszedł do Pana w 1971 r. .

W roku 1950 rozpoczął się dla Kościoła Chrystusowego trudny okres represji ze strony władz komunistycznych. Wtedy bowiem zostali aresztowani wszyscy duchowni Kościoła Chrystusowego pod zarzutem szpiegostwa.
Do więzienia trafili również pionierzy działalności Kościoła Chrystusowego na Warmii i Mazurach: Jerzy Sacewicz, Bolesław Winnik i pastor Zboru olsztyńskiego Mikołaj Korniluk. Pracownicy Urzędu Bezpieczeństwa zapieczętowali obiekty sakralne, domy modlitwy, a nawet pomieszczenia, w których odbywały się spotkania modlitewne w domach prywatnych. Wielu pastorów pozostało w więzieniach, aż do roku 1953. W tym czasie bezpowrotnie utracono dużą część majątku kościelnego, została skonfiskowana literatura chrześcijańska, jak również wiele egzemplarzy Biblii.

W 1953 r. z inicjatywy władz komunistycznych utworzono Zjednoczony Kościół Ewangeliczny, w którego ramy organizacyjne został też włączony Kościół Chrystusowy.

W latach 1971-1977 pastorem Zboru olsztyńskiego był Piotr Bronowicki, od 1977 do 1987 r. – Sergiusz Kobus, a od 1987 do 1993 r. obowiązki pastora pełnił Jan Szymczuk.

1 lutego 1988 r. Zjednoczony Kościół Ewangeliczny został zreorganizowany ulegając rozpadowi na poszczególne denominacje, wtedy też usamodzielnił się Kościół Zborów Chrystusowych. Przez dwa lata, tj. od 1993 do 1995 r. Zbór olsztyński nie miał swego pastora, a od 25 czerwca 1995 r. jest nim Marcin Zwoliński.

Zbór ten już przez ponad pół wieku funkcjonuje, rozwija się stanowiąc integralną część historii i kultury Olsztyna. Przez ten czas mijały kolejne generacje, zmieniali się przywódcy, upadały systemy polityczne, ale

Kościół konsekwentnie realizował powierzoną mu przez Boga misję, wywierając niezatarty wpływ na życie wielu mieszkańców naszego miasta.

Dziś stojąc u progu nowego tysiąclecia pragniemy patrząc na przykład naszych poprzedników nadal budować swoją wiarę i styl życia opierając się solidnych podstawach nauczania Pisma Świętego. Podobnie jak ci, którzy byli przed nami, w praktyce chcemy realizować zasadę: